Humeynî, 24 Eylül 1902'de Humeyn şehrinde doğdu. Asıl adı Ruhullah soyadı Mustafavî olan, ancak Musevî-yi Humeynî olarak tanınan İmam Humeynî'nin babası, zamanın ulemasından sayılan Seyyid Mustafa idi. Beş aylık iken babasını kaybetti.
15 yaşındayken o güne kadar kendisini büyüten annesi ve halası ölünce kimsesiz kaldı. 1920'de İslami ilimler üzerine eğitim almak için gittiği Arak kentinde Şeyh Abdülkerim Hairi'nin öğrencisi oldu. 1922'de Kum kentine yerleşti. 1930'da, doğduğu kentin anısına Humeyni soyadını aldı. Felsefe, mantık, kelâm, fıkıh, irfan ve öteki İslam ilimleriyle ilgili çok sayıda yapıt kaleme aldı. 1929'da Betül Sakafi Humeyni ile evlendi. Evlendiğinde kendisi 27, Betül Sakafi Humeyni 15 yaşındaydı. Yedi çocukları oldu, bunlardan ikisi hayatını kaybetti.
İmam Humeyni, İslam bilimleriyle ilgili eserlerinden çok, Muhammed Rıza Şah Pehlevi'ye karşı açıkça tutum alması, Batı nüfuzuna karşı çıkması ve devlet yönetiminde İslami kuralların geçerliliğini uzlaşmaz biçimde savunmasıyla tanındı. 1950'lerde ayetullah, 1960'ların başlarında da büyük ayetullah unvanını alarak Şiî molla hiyerarşinin en üst katına yükseldi.
İmam Humeyni, 1962-63'te şahın toprak reformu programı çerçevesinde bazı dinsel vakıfların mülklerine el konulmasına muhalefet ettiği için tutuklandı. Bunun üzerine hükümet karşıtı hareketler patlak verdi. İmam Humeyni bir yıl tutuklu kaldıktan sonra 4 Kasım 1964'te Türkiye'ye sürgün edildi. Haziran 1989 yılında Tahran'ın kalp hastanesinde vefat etti.